Urodził się w Olsztynie w rodzinie nauczycielskiej o tradycjach patriotycznych. Jego matka Wiktoria z domu Lisowska, wraz z rodzicami i czwórką rodzeństwa blisko pięć lat (1941–1945) spędziła na zesłaniu na Syberii w Kraju Ałtajskim. Jej pozostała czwórka rodzeństwa (trzech braci: Edmund, Józef i Romuald i siostra Janina) pozostała na Wileńszczyźnie i wstąpiła do Armii Krajowej Obwodu Brasławskiego. Współpracowali m.in. ze strukturami Wachlarza i brali udział w Operacji Ostra Brama. Po jej zakończeniu jeden z wujów Wojciecha Polaka – Romuald Lisowski został zamordowany przez Sowietów, a drugi, porucznik Edmund Lisowski „Krzak” zesłany na 10 lat na Syberię.

Do podjęcia studiów w Toruniu Wojciech Polak mieszkał w olsztyńskiej dzielnicy Zatorze. Tam też ukończył Szkołę Podstawową nr 1 im. Ryszarda Knosały. W roku 1976 Wojciech Polak rozpoczął naukę w II Licem Ogólnokształcącym w Olsztynie im. Konstantego Ildefonsa Gałczyńskiego. Po egzaminie maturalnym w 1980 r. zaczął studia historyczne na UMK w Toruniu. W roku 1985 uzyskał stopień magistra na podstawie pracy „Sejm walny koronny w 1565 roku w Piotrkowie”, pisanej pod kierunkiem prof. dr hab. Janusza Małłka. Za pracę tę otrzymał wyróżnienie w Konkursie im. Stanisława Herbsta, organizowanym przez Polskie Towarzystwo Historyczne. W 1985 r. został zatrudniony w Instytucie Historii i Archiwistyki UMK na stanowisku asystenta. Od września 1987 r. do maja 1988 r. przebywał w Sztokholmie na stypendium przyznanym przez Sverige Institutet i zbierał materiały do rozprawy doktorskiej. Kwerendę prowadził głównie w zespołach wywiezionych z Polski do Szwecji w XVII wieku, a znajdujących się obecnie w Riksarkivet Stockholm. Pracę doktorską, pt. „Polityka Rzeczypospolitej wobec Moskwy w latach 1607–1613”, (promotor: prof. dr hab. Janusz Małłek) obronił w 1994 r. W tym samym roku został zatrudniony na stanowisku adiunkta. Jeszcze w roku 1995 jego doktorat ukazał się drukiem pt. „O Kreml i Smoleńszczyznę” (później kazały się dwa kolejne wydania tej książki). W następnych latach Wojciech Polak kontynuował badania nad wschodnią polityką Rzeczypospolitej, prowadząc w tym celu kwerendy w archiwach i bibliotekach krajowych i zagranicznych (m. in. Petersburga, Moskwy, Berlina, Wiednia - Stypendium im. Konstantego Jirečka, Rzymu - stypendium Karoliny Lanckorońskiej). Rezultatem tych badań jest ok. 30 artykułów, wydawnictw źródłowych i recenzji opublikowanych w czasopismach i wydawnictwach zbiorowych. Równocześnie prowadził badania nad dziejami Torunia i Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w latach 1980–1981 i w okresie stanu wojennego. Zaowocowały one rozprawą pt. „Najtrudniejsze egzaminy. Niezależne Zrzeszenie Studentów Uniwersytetu Mikołaja Kopernika na tle wydarzeń w kraju i regionie (1980–1982)”, wydaną w Toruniu w 2001 r. Wiosną 2000 r. napisał i złożył do druku 6 podrozdziałów do przygotowywanego we Wrocławiu sześciotomowego wydawnictwa pt. „Polska. Dzieje Cywilizacji i Narodu” pod red. prof. dr hab. Marka Derwicha. Ukazały się one drukiem w 2003 r. W maju 2003 r. opublikował w Wydawnictwie UMK obszerną rozprawę pt. „Czas ludzi niepokornych. Niezależny Samorządny Związek Zawodowy "Solidarność" i inne ugrupowania niezależne w Toruniu i Regionie Toruńskim (13 XII 1981 – 4 VI 1989)”. Stała się ona podstawą jego habilitacji. Kolokwium habilitacyjne odbyło się na Wydziale Nauk Historycznych UMK dnia 6 stycznia 2004 r.

Od listopada 2004 r. Wojciech Polak pracował w Instytucie Politologii UMK. Od października 2005 r. był kierownikiem Zakładu Systemów Politycznych w tym Instytucie. W maju 2005 r. został powołany na stanowisko profesora nadzwyczajnego UMK. Dnia 29 lutego 2008 r. otrzymał z rąk Prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego tytuł profesora nauk humanistycznych. Od listopada 2008 r. zatrudniony został na stanowisku profesora zwyczajnego UMK na Wydziale Politologii i Studiów Międzynarodowych. Ostatnio kierował tam Katedrą Konfliktów Politycznych i był dyrektorem Instytutu Nauk o Bezpieczeństwie. Obecnie jest dyrektorem Centrum Badania Historii Solidarności i Oporu Społecznego w PRL na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu.
W ostatnich latach prowadzi badania dotyczące głównie dziejów PRL. Ich owocem jest kilkadziesiąt artykułów oraz książki pt. „Dni protestu. Wydarzenia 1 i 3 Maja 1982 r. w Toruniu”, Toruń 2004; „Anatomia agenta. Historia tajnego współpracownika Służby Bezpieczeństwa o pseudonimie »Karol« (1978–1983)”, Gdańsk 2005; „Trudne lata przełomu. Szkice z historii najnowszej”, Gdańsk 2006; „Stan wojenny – pierwsze dni”, Gdańsk 2006; „Śmiech na trudne czasy. Humor i satyra niezależna w stanie wojennym i w latach następnych”, Gdańsk 2007. Natomiast jego książka „O dobro wspólne i egzekucję praw. Sejm 1565 r. w Piotrkowie” (Toruń 2004) omawia reformy państwowe przeprowadzone w okresie rządów Zygmunta Augusta. Kolejne książki Wojciech Polaka to: „Anatomia agenta. Historia tajnego współpracownika Służby Bezpieczeństwa o pseudonimie „Karol” (1978-1983), (Gdańsk 2005); „Trudne lata przełomu. Szkice z historii najnowszej” (Gdańsk 2006); „Stan wojenny – pierwsze dni” (Gdańsk 2006); „Śmiech na trudne czasy. Humor i satyra niezależna w stanie wojennym i w latach następnych (13 XII 1981-31 XII 1989)” (Gdańsk 2007; wyd. II, Gdańsk 2008); „»AS«”. Ksiądz biskup Czesław Kaczmarek w Rywałdzie Królewskim” (Toruń 2008, razem z Waldemarem Rozynkowskim); „Szkice z najnowszej historii Torunia” (Gdańsk 2008); „Wydawnictwo »Alternatywy«. Z dziejów gdańskiej poligrafii podziemnej” (Gdańsk-Toruń-Bydgoszcz 2009); „Sierpień nad Wisłą i Drwęcą. Strajki i protesty w Toruniu i województwie toruńskim latem 1980 r.”, (Gdańsk 2010); „Historia ciągle żywa. Studia i materiały” (Toruń-Bydgoszcz 2011); „Dokumenty Centralnego Zarządu Zakładów Karnych dotyczące obozów internowania(1982 rok)” (Gdańsk-Toruń 2012, razem z Sylwią Galij-Skarbińską); „Patriotyzm dnia dzisiejszego” (Gdańsk 2012); „Wielbiciele Panny »S«. Ruch Wolność i Pokój w Toruniu” (Toruń 2013); „Trzy misje. Rokowania dyplomatyczne pomiędzy Rzeczpospolitą a Moskwą w latach 1613–1615” (Toruń 2014); „Silva Rerum. Szkice historyczne” (Toruń 2014); „Nigdy przed mocą nie ugniemy szyi”. Obóz internowania w Potulicach 1981-1982” (Gdańsk-Bydgoszcz 2015, wydanie II, Gdańsk-Warszawa 2021, razem z Sylwią Galij-Skarbińską); „»Solidarność«. Od komunizmu do Unii Europejskiej” (Warszawa 2015, razem z Sylwią Galij-Skarbińską, Henrykiem Głębockim i Jerzym Kłosińskim); „Historia jest zawsze ciekawa” (Toruń 2016, razem z Sylwią Galij-Skarbińską); „Swetry, sutanny i mundury” (Toruń 2016); „Solidarity. The Martial Law in Poland. First Days” (Toruń 2016); „Opozycja demokratyczna w Toruniu i w województwie toruńskim w latach 1976–1980” (współautor z Sylwią Galij-Skarbińską, Aleksandrą Jankowską-Wojdyło i Michałem Białkowskim, Toruń 2017); „Dla Niepodległej. Szkice z dziejów walki o Polskę wolną i bezpieczną” (Gdańsk 2018); „Zbrodnia i grabież. Jak Niemcy tuszują prawdę o sobie” (współautor z Sylwią Galij-Skarbińską), (Kraków 2019); „Żółkiewski pogromca Moskwy. Biografia”, (Kraków 2020), „Nikczemność i honor. Stan wojenny w stu odsłonach” (współautor z Sylwią Galij-Skarbińską i Michałem Damazynem) (Kraków 2021); „Opór społeczny przeciwko komunizmowi w Toruniu w obiektywie Artura Wiśniewskiego” (współautor z Arturem Wiśniewskim i Sylwią Galij-Skarbińską) (Toruń 2021).

Wydał też liczne zbiory prac pod swoją redakcją oraz artykuły, teksty źródłowe i recenzje. Prowadzi szeroką działalność popularyzatorską i publicystyczną. Jest jednym z autorów miesięcznika „WPIS”.

W latach 1996–1999 Wojciech Polak pełnił funkcję sekretarza i członka Kolegium Redakcyjnego półrocznika historycznego „Czasy Nowożytne”. Do 2009 r. był członkiem Rady Redakcyjnej tego periodyku. W 2006 r. został powołany przez Rektora UMK na przewodniczącego zespołu badawczego o nazwie: Komisja Do Badania Ograniczania Autonomii UMK w latach 1968–1990. W 2007 r. został członkiem Międzydiecezjalnej Komisji Historycznej powołanej w celu weryfikacji danych o współpracy duchowieństwa diecezji chełmińskiej z tajnymi służbami PRL-u. W roku 2007 objął także funkcję redaktora naczelnego wydawnictwa seryjnego pt. „Diecezja chełmińska w czasach komunizmu – 1945–1990”. Od 2014 r. jest redaktorem naczelnym półrocznika historycznego „Fides, Ratio et Patria. Studia Toruńskie”, wydawanego w Wyższej Szkole Kultury Społecznej i Medialnej w Toruniu. Jest też współredaktorem periodyku „Roczniki Księdza Jerzego” wydawanego przez Centrum Edukacji Młodzieży im. Księdza Jerzego Popiełuszki w Górsku. W latach 2010-2014 r. pełnił funkcję kierownika Ośrodka Badań Historycznych Europejskiego Centrum Solidarności w Gdańsku. Jest konsultantem wystawy stałej Europejskiego Centrum Solidarności. W latach 2000-2005 pracował jako wykładowca historii w Collegium Marianum w Pelplinie. Prowadzi też wykłady zlecone w Wyższej Szkole Kultury Społecznej i Medialnej w Toruniu. Jest członkiem Polskiego Towarzystwa Historycznego, Polskiego Towarzystwa Nauk Politycznych i Towarzystwa Naukowego w Toruniu. Wojciech Polak wypromował dziewięciu doktorów z zakresu historii i politologii.

Od 1980 r. Wojciech Polak był członkiem Niezależnego Zrzeszenia Studentów Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu. W lutym 1981 r. został członkiem Zarządu Uczelnianego NZS UMK. Działalność podziemną w NZS prowadził także po wprowadzeniu stanu wojennego, był członkiem podziemnego Tymczasowego Zarządu Uczelnianego NZS UMK. Równocześnie przez całe lata osiemdziesiąte współpracował ze strukturami podziemnymi „Solidarności” Regionu Toruńskiego i Regionu Olsztyńskiego (drukowanie gazetek, kolportaż, działalność publicystyczna, itp.). Od 1987 r. wraz z Romanem Bäckerem wydawał podziemne pismo publicystyczne „Chrześcijański Ruch Społeczny”. Wspierał też odradzające się od początku 1988 r. struktury NZS na UMK. Podczas wyborów „okrągłostołowych” w 1989 r. był przedstawicielem toruńskiego Komitetu Obywatelskiego w Okręgowej Komisji Wyborczej. W 1990 r. został członkiem – założycielem Porozumienia Centrum w Toruniu, następnie pełnił stanowisko członka Zarządu Wojewódzkiego PC w Toruniu i jego rzecznika prasowego. Był delegatem na I Kongres Porozumienia Centrum. W 2010 r. stał na czele Komitetu Wyborczego Jarosława Kaczyńskiego w Toruniu. Obecnie jest członkiem partii Prawo i Sprawiedliwość oraz NSZZ „Solidarność”. W 2016 r. został powołany w skład Narodowej Rady Rozwoju przy Prezydencie RP Andrzeju Dudzie. Zasiada też w Kolegium Instytutu Pamięci Narodowej – przez trzy kadencje pełnił funkcję jego przewodniczącego. Obecnie jest wiceprzewodniczącym Kolegium. Jest też członkiem zarządu Komitetu „Solidarni – Toruń Pamięta”. Pełnił także funkcję przewodniczącego Rady Naukowej Ośrodka Badań Naukowych im. Wojciecha Kętrzyńskiego w Olsztynie. Od 2019 r. jest przewodniczącym Rady Programowej Instytutu Północnego im. Wojciecha Kętrzyńskiego w Olsztynie. Jest też członkiem Rady Muzeum Pogranicza w Działdowie.

Od 2011 r. współorganizator Marszu Rotmistrza Pileckiego w Toruniu, a także gry terenowej dla młodzieży „O szablę rotmistrza Pileckiego”. Od 2010 r. przewodniczący Kapituły Konkursu Historycznego im. Generał Elżbiety Zawackiej dla młodzieży gimnazjów i szkół średnich. Przewodniczący Klubu Nowa Szewska Pasja. Wiceprzewodniczący Akademickiego Klubu Obywatelskiego w Toruniu.

Za działalność naukową i dydaktyczną otrzymał wyróżnienia Rektora UMK w roku 1994 i 2002 oraz nagrody Rektora UMK II stopnia w 2004 i 2008 r. W roku 1999 został odznaczony odznaką „Zasłużony Działacz Kultury” za działalność w stanie wojennym. W lutym 2005 r. otrzymał nagrodę - Złotą Karetę w dziedzinie nauki i edukacji od redakcji toruńskiego dziennika „Nowości”, głównie za publikacje o stanie wojennym. Dnia 31 sierpnia 2007 r. został odznaczony przez Prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski za działalność podziemną i niezależną w latach osiemdziesiątych. W 2009 r. odebrał medal „Pro Memoria” przyznawany przez Kierownika Urzędu do spraw Kombatantów i Osób Represjonowanych Janusza Krupskiego. W 2010 r. otrzymał Nagrodę Marszałka Województwa Kujawsko-Pomorskiego za osiągnięcia w pracy naukowej. W grudniu 2015 r. odznaczony medalem „Zasłużony dla Miasta Torunia” na wstędze, a w lutym 2016 r. Krzyżem Wolności i Solidarności, a listopadzie 2018 r. Medalem Stulecia Odzyskania Niepodległości. We wrześniu 2020 r. został odznaczony przez Prezydenta Andrzeja Dudę Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski. Także w 2020 r., wraz z prof. Sylwią Galij-Skarbińską otrzymał nagrodę Stowarzyszenia Wydawnictw Katolickich „Feniks” za książkę pt. „Zbrodnia i grabież. Jak Niemcy tuszują prawdę o sobie” wydaną w Wydawnictwie „Biały Kruk”.

Jest żonaty, ma dwóch synów. Żona Katarzyna Polak jest konserwatorem zabytków, pracuje na UMK w Instytucie Zabytkoznawstwa i Konserwatorstwa, wykonuje też praktycznie zawód konserwatora. Starszy syn – Jan Polak jest informatykiem, młodszy – Jakub Polak także wykonuje zawód konserwatora zabytków.